沖縄のお酒である泡盛に使われているのが黒こうじ菌です。黒こうじには多量のクエン酸が作られるという特徴があり、それが泡盛のもろみが腐敗するのを防いでくれるからです。まさに高温多湿の沖縄に合っているといえるでしょう。なお、主にアスペルギルス・サイトイとアスペルギルス・アワモリという2種類の黒こうじ菌で現在の泡盛は作られています。

黒こうじ菌に含まれていた白色の変異株を分けて生まれたのが白こうじ菌で、主に焼酎に使われますが、日本酒に用いる酒造もあります。白こうじ菌も高温多湿に強く、扱いやすいという特徴が備わっているため、九州で作られる焼酎に多く使われています。なお、北原覚雄博士が発見したことにより、アスペルギルス・カワチ・キタハラという名前がつけられました。

醤油や味噌、日本酒など、私たちの身の回りにある物に多く使われているのが黄こうじ菌です。アスペルギルス・オリゼとも呼ばれる黄こうじ菌を、蒸した白米に付着させると白米こうじ、玄米に付着させると玄米こうじができあがります。白米こうじはあま酒やみりんなどに使われます。白米こうじはクセがなく甘くて爽やかな香り、玄米こうじは深みのある香りと少しの苦味が特徴的です。米こうじは多種多様の食品に使われているので、味の好みに応じて選べるのも楽しみの1つといえます。